Frederik Magle là con của nhà văn kiêm nữ diễn viên Mimi Heinrich và nhạc sĩ chơi đàn organ, họa sĩ kiêm điêu khắc gia Christian Reesen Magle (1925-1996). Anh là cháu gọi nhà soạn nhạc Emil Reesen (1887-1964) bằng ông cậu (anh/em của bà anh). Anh được coi là thần đồng âm nhạc, đã xuất hiện trên truyền hình và các phương tiện truyền thông từ khi lên 9 tuổi..[1][2]

Frederik Magle học nhạc lý và sáng tác với Leif Thybo, học chơi đàn organ với Ib Bindel, sau đó vào học ở Nhạc viện hoàng gia Đan Mạch. Cuộc trình diễn trước công chúng các sáng tác nhạc đầu tiên của anh diễn ra vào buổi sáng lễ Phục Sinh 7.4.1985 tại nhà thờ Stubbekøbing.

Cha của Magle từ trần năm 1996, ngay trước buổi trình diễn đầu tiên bản cantata lễ Giáng Sinh A newborn child, before eternity, God! của Magle, được hiến tặng cho ông.[3]

Frederik Magle nổi tiếng là một nhạc sĩ chơi đàn organ điêu luyện[4][5] và cũng tham gia vào việc làm đàn organ, tạo ra thiết kế âm cho đàn organ 25 dãy ống ở nhà thờ Jørlunde (một làng ở bắc đảo Zealand, Đan Mạch), được khai trương trong tháng 10 năm 2009.[6][7] Năm 2010 anh phát hành một đĩa CD đôi, Like a Flame, với các ứng tác tự do được thu từ đàn organ của nhà thờ Jørlunde.